Ateismus, konkrétně materialismus, neposkytuje žádný základ pro racionalitu.
Kniha Za novými světy, popisuje tento problém takhle: Materialisté mají za to, že vnímání a poznání jsou buď totožné s mozkem, nebo jsou jeho vedlejším produktem, totiž jsou výsledkem fungování hmoty. Hmota ovšem funguje podle své vlastní povahy. Nemáme totiž důvod předpokládat, že hmota má schopnost vést lidi k pravdě. Když rozum je funkce nerozumných složek, na jakém základě se můžeme domnívat, že jeho závěry jsou spolehlivé? Charles Darwin sám pochopil tento problém. Jednou napsal: "Pokaždé se vynoří strašlivá pochybnost, zda názory lidského mozku, který se vyvinul z mozku nižších živočichů, mají nějakou hodnotu a zda jsou vůbec hodnověrné. Věřil by někdo názorům opičiho mozku, pokud v něm vůbec nějaké jsou?" Někdo namítne: "Prostě víme, že rozum je spolehlivý." Otázka však zní: Jak to víme? Proč by mělo něco z toho, co si hmota uvědomuje, mít nějaký vztah k tomu, co skutečně je? Jaký je test pro odlišení pravdy od zdání? Můžeme poukázat na vědecké metody, na logiku, a podobné, ale to nechává naší otázku nezodpovězenou, protože všechny tyto metody užívají rozumu, který má být sám prověřován. Profesor J.B.S. Haldane, známý ateista, řekl: "Pokud jsou mé myšlenkové procesy dány pouhým pohybem atomů v mém mozku, nemám důvod si myslet, že mé domněnky jsou pravdivé... a tudíž nemám důvod ani k předpokladu, že můj mozek se skládá z atomů." Je to začarovaný kruh. Někdo řekne: "Nebudeme mluvit o pravdě. Rozum je užitečný k přežití, a to je všechno." Ale když budeme spokojeni, že rozum jen funguje v praktických záležitostech a to nám stačí, nebudeme mít žádný základ pro uvažování na vyšší, teoretické úrovni. To znamená, že už nebude žádný základ pro víru, třeba, v materialismus, protože on sám už je filozofická myšlenka. Možná, že materialismus je pravda, ale pokud ano, nikdy nemůžeme vědět, že je to pravda. A to je zvláštní. Myslím, že to je dobrý důvod předpokládat, že to pravda není.

Racionalismus - prohlašuje rozum za nejvyšší a jediný zdroj pravdy v teorii a životní praxi.
Ateismus považuje rozum za jeden z mnoha zdrojů poznání. Ono totiž nejde o to jak rozum funguje, ale co využívá k poznání pravdy. Rozum nefunguje na vyšší teoretické úrovni. Je otázkou, co je vyšší teoretická úroveň. Je ta teoretická úroveň bůh? Mozek se vyvinul z nižších živočichů. Ale to nepředpokládá, že mozek jako takový je na nižší úrovni. Všechno se přeci vyvíjí. Když si člověk přečte knihu, nestane se moudrým jen pro to, že ji přečte, ale proto, že nad tím, co přečte, uvažuje.